НИР на тему: «Адаптация биоинформатических и программных алгоритмов по селекции неоантигенов для применения в соответствии с индивидуальным…

Условия закупки

Заказчик

Сроки

Финансирование

Объекты закупки (34)

• 2-й этап Патологоанатомическое исследование биопсийного материала с применением иммуногистохимических методов (при наличии образцов)

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Разработатка модуля для подбора и включения в состав мРНК-препарата кодирующих последовательностей иммуномодуляторных молекул, обеспечивающих таргетное воздействие на конкретные этапы противоопухолевого иммунного цикла, на которых у пациента идентифицированы дисфункции, а также на коррекцию состояния истощения (экзост) эффекторных иммунных клеток

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Разработатка модуля поиска часто встречающихся мутаций и формирования списка универсальных антигены для наиболее часто встречаемых HLA-аллелей

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Доработка расширенного клинико-диагностического дашборда с целью представления развернутой информации о состоянии пациента (по данным геномного и транскриптомного анализов).

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Доработка механизма загрузки исходных данных секвенирования с привязкой к уникальному номеру пациента и указанием соответствующих геномных данных

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Перечень неоантигенов и последовательности в форме мРНК для исследования их эффективности на сингенной мышиной животной модели Заказчика

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Базовая версия регистра пациентов и формат для унифицированного сбора данных

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 4-й этап Завершение и обобщение результатов исследования безопасности и иммуногенности мРНК-вакцины у пациентов и выработка рекомендаций

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Оптимизация программного конвейера в целях адаптации ПО для работы с данными пациентов с колоректальным раком, раком почки, немелкоклеточным раком легкого и раком молочной железы, а также с данными соответствующих релевантных животных моделях.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Разработатка модуля для выявления клинически значимых молекулярных нарушений в опухоли пациента и формирования рекомендаций по назначению таргетных препаратов и ингибиторов контрольных точек иммунного ответа, в том числе в комбинации с мРНК-вакциной.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Разработатка модуля для отбора известных иммуногенных антигенов (recall-антигенов) с их последующей интеграцией в состав мРНК-конкатемера

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Тестирование работоспособности ПО на открытых и на собственных данных, в том числе для оценки молекулярного портрета опухоли и ее микроокружения, а также моделей предсказания свойств неоэпитопов (иммуногенность, аффинность связывания, чужеродность).

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 4-й этап Доработка технического функционала ПО, обеспечивающего выбор наиболее перспективных неоантигенов для персонифицированного лечения онкологических заболеваний с использованием мРНК-вакцин и создание версии для передачи в медицинские организации, в том числе поддержка английского языка интерфейса и сопутствующих документов.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Проведение комплексный систематический анализ данных мировой научной литературы по доклиническим и клиническим исследованиям иммунотерапевтических препаратов, включая применение мРНК-вакцин

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 2-й этап Высокопроизводительное секвенирование РНК (bulk/single-cell RNA-seq) биологического материала пациентов, отобранного в 5 динамических временных точках с целью оценки состава клеточных популяций, маркеров активации клеток, анализа функциональных сигнатур, оценки Т- и В-клеточных клонов, глубокого профилирования репертуара Т- и В-клеток

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 2-й этап Проточная цитометрия – выявление активированных цитотоксических Т-клеток (CD8+) и клеток памяти (CD4+)

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 2-й этап ELISpot – специфические Т-клетки (IFN-?)

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 2-й этап Морфологическое исследование (после введения)

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Доработанная версия регистра пациентов и формат для унифицированного сбора данных

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Разработатка модуля для автоматизированного выявления нарушений в системе презентации антигенов опухолевыми клетками

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 2-й этап Определение цитокинов (IL-6, IL-10, TNF-?, IFN-?)

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 2-й этап Биопсия остаточной опухолевой ткани при наличии и согласии пациента

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 2-й этап Коллекции биологических материалов пациентов (не менее 14 на одного пациента), в том числе мононуклеарной фракции крови пациентов в количестве двух вакуумных пробирок для забора венозной крови с гепарином объемом 10 мл при каждом визите пациента до введения вакцины, а также спустя через 7, 14 и 45 дней после последней вакцинации

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Расширение программного кода дополнительными аналитическими модулями с интеграцией в ПО, обеспечивающими проведение дополнительных типов анализов с использованием генетических и транскриптомных данных

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Тестирование альтернативных инструментов поиска неоэпитопов

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Сырые данные транскриптомного мРНК-секвенирования (65 образцов) - не менее 10 Гб. Секвенирование должно быть проведено в формате парных прочтений с минимальной длиной прочтения 100 нуклеотидов.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Разработка программы научно-исследовательской работы, включающую проект протокола клинического применения, описание целевой группы, процедуры скрининга, критерии отбора (включения и исключения) пациентов, подходящих для участия в НИР и последующего производства и применения иБТЛП, предназначенных для применения в соответствии с индивидуальным медицинским назначением и специально изготовленных для конкретного пациента с целью персонифицированного лечения онкологических заболеваний с использованием мРНК-вакцин. Исследование в рамках настоящего договора будут проводиться на количестве до 30 пациентов

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 4-й этап Комплект пептидов, состоящий из 450 пептидов (30 пептидов на 15 пациентов)

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 4-й этап Подготовка и подача комплекта документов по результатам проведенных исследований, а также оптимизации регламента производства и применения заявления с прилагаемыми документами и сведениями согласно Постановлению Правительства Российской Федерации от 24.02.2025 № 213.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Проведение исследования и интеграции в ПО базового функционала клинико-диагностического дашборда на основе данных, получаемых по результатам работы программного конвейера

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 1-й этап Сырые данные полноэкзомного секвенирования нормальной ткани и опухоли (80 образцов) с покрытием не менее 200x. Секвенирование должно быть проведено в формате парных прочтений с минимальной длиной прочтения 100 нуклеотидов.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Интеграция в ПО базового модуля для проведения деконволюции с использованием транскриптомных данных дополнительного модуля расчета иммуногенности потенциальных неоэпитопов.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 3-й этап Доработка ПО (с учетом результатов тестирования), обеспечивающего отбор перспективных неоантигенов для создания персонализированных мРНК-вакцин.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.

• 4-й этап Развертка расширенной версии ПО на вычислительных мощностях Заказчика.

  ОКПД2 72.11.11.000 — Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биотехнологии в области здоровьяКод позиции УСЛ ЕДЕд. изм.: усл. ед.